Dans notre projet de recherche, nous avons étudié la flore microbienne présente dans le jus n'est autre que celle de l'eau de lavage des fruits, du stockage, de la transformation et de l'installation. La flore des fruits d'orange et qui échappent au moyen de contrôle, peuvent montrer des caractéristiques culturelles et métaboliques capable d'altérer le produit alimentaire. - Les bactéries isolées appartiennent surtout aux Entérobactéries parfois le genre Bacillus provenant de l'air et du fruit lui même. - Les champignons isolés sont également le Penicillium digitatum, Penicillum italicum, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Rhizopus elegans, Trichothecium roseum et Saccharomyces cerevesiae, caractérisé par leur capacité de dégrader les sucres simples et de convertir les polysaccharides. L'étude physiologique montre que la température optimale pour la croissance, la germination et la fructification connidienne est de l'ordre de 25ºC. Les champignons isolés tolèrent aussi une large gamme de pH de 4,5 à 8,5.
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