Au retour de son célèbre voyage, qui a duré près de cinq ans (27 décembre 1831-2 octobre 1836), à bord du Beagle, Charles Darwin, tout en préparant la publication de son Journal, classe ses spécimens d'animaux vivants naturalisés ainsi que ses échantillons fossiles, et en confie l'identification et la description savante à plusieurs spécialistes : les Mammifères fossiles sont attribués à Richard Owen, les Mammifères actuels à George Robert Waterhouse, les Poissons à Leonard Jenyns, les Reptiles à Thomas Bell.
C'est au déjà célèbre ornithologue et taxidermiste John Gould (1804-1881) que Darwin s'en remet pour l'examen de ses nombreux spécimens d'Oiseaux, parmi lesquels figurent les Oiseaux Moqueurs et les fameux « Pinsons » des îles Galápagos. Les dix-neuf fascicules qui composent la Zoologie du voyage du H.M.S. Beagle paraîtront de février 1838 à octobre 1843.
Or Darwin est intimement convaincu, depuis le début du printemps de 1837, que les espèces ne sont pas fixes, et entame à partir du mois de juillet de cette même année une recherche secrète visant à le démontrer. Aucun de ses collaborateurs d'alors ne saura qu'il contribue à sa manière à cette démonstration, et Gould, pour sa part, se tenant à l'abri d'une prudente orthodoxie, se soucie peu d'interpréter les proximités manifestes qu'il observe entre différentes espèces comme les indices d'une transformation progressive.
C'est pourtant, principalement, son expertise qui précipite en mars 1837 la « conversion » de Darwin au transformisme. Dans sa préface, Patrick Tort montre comment Darwin, silencieusement, met alors en place, un an et demi avant sa grande intuition du mécanisme sélectif, et à partir du « modèle » zoogéographique des Galápagos, un scénario transformiste combinant migration et adaptation qui se substitue aux créations indépendantes postulées par la théologie dogmatique.
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