Identification de motifs dans les réseaux métaboliques ; définitions, algorithmes et applications au métabolisme d'Escherichia coli

• Date de parution : 20/10/2008
• Editeur : Edilivre
• EAN : 9782356076427
• Série : (-)
• Support : Papier

• Nombre de pages : (-)
• Collection : UNIVERSITAIRE
• Genre : (-)
• Thème : Sciences de la vie et de la terre, Botanique, Ecologie
• Prix littéraire(s) : (-)

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'analyse structurelle des réseaux biologiques. Nous proposons une nouvelle définition de motif dans le contexte des réseaux métaboliques. Un réseau métabolique est modélisé par un graphe coloré et un motif est défini comme un multi ensemble de couleurs... Voir plus

Cette thèse s'inscrit dans le cadre de l'analyse structurelle des réseaux biologiques. Nous proposons une nouvelle définition de motif dans le contexte des réseaux métaboliques. Un réseau métabolique est modélisé par un graphe coloré et un motif est défini comme un multi ensemble de couleurs (une couleur correspond ici à un mécanisme réactionnel). Une occurrence d'un motif est définie comme un ensemble de noeuds connectés et colorés par les couleurs du motif. Nous proposons des algorithmes pour rechercher et inférer de tels motifs, ainsi qu'un critère statistique permettant de décider si un motif est surreprésenté. L'application de nos méthodes au métabolisme d'Escherichia coli révèle des structures locales répétées. Nous argumentons que ces structures peuvent être interprétées comme des blocs fonctionnels et/ou évolutifs du métabolisme.