Dans l'oeil du cyclope trouve son inspiration dans le célèbre mythe grec des cyclopes. L'aventure de nos trois explorateurs en herbe explore les liens entre l'origine de certaines légendes et les interprétations erronées de certains fossiles, tels ceux des éléphants nains, mammifères aujourd'hui éteints mais qui vivaient au Pléistocène, et dont la cavité nasale a pu laisser imaginer qu'il s'agissait de l'emplacement d'un oeil unique...
La recherche des cyclopes permet aux enfants de traverser une galerie d'anatomie comparée et de paléontologie, ainsi que de visiter une galerie de tératologie où sont conservés les « monstres », c'est-à-dire les spécimens présentant des malformations de naissance (qu'on appelle « congénitales »). Certains d'entre eux sont également nommés « cyclopes » lorsqu'ils sont atteints de malformations du cerveau et de la face.
L'histoire se déroule dans une université. Comme les musées, les universités abritent également souvent des collections dans leurs murs. Celles-ci servent à la formation des étudiants ; elles sont aussi parfois le résultat du travail des enseignants et des chercheurs de l'université. La plupart du temps, ces collections ne sont pas ouvertes au public.
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