L''analyse des séquences des gènes de l''ADNr nucléaire, et plus particulièrement des régions ITS, pour évaluer la variabilité interspécifique et intra spécifique n''est pas efficace dans le cas des espèces très proches pour cela on a utilisé le gène Tef1 puisqu''il est plus variable. Les ITS- RFLP a donné une diversité plus importante avec l''enzyme de restriction HaeIII qu''avec l''enzyme RsaI, on a obtenu 6 groupes phylogéniques avec RsaI et 10 groupes phylogéniques avec HaeIII. Pour l''identification des isolats on a amplifié le gène tef1 puis le produit ont été purifié et ensuite séquencé. Les séquences obtenues ont été comparées par alignement avec les séquences des autres espèces de Trichoderma qui se trouve dans les banques de séquences. Les espèces identifiées sont T. harzianum/inhamatum (T. inhamatum, et T. citrinoviride. Le pouvoir antagoniste des Trichoderma a été étudié en co-culture avec des agents pathogènes. La présence d''une zone d''inhibition au point de contact entre les deux protagonistes a été notée. Lors de ces tests in vitro, il apparaît que Trichoderma a une bonne activité antagoniste contre les champignons pathogenes.
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