Dans les années 2050, le réchauffement climatique et la montée des eaux ont ravagé la presque totalité de la planète. Les humains ayant survécu aux famines, guerres ou épidémies, se sont réfugiés dans les zones encore vivables, à savoir à proximité du cercle polaire et sur l'Antarctique. Des régimes autoritaires sont au pouvoir dans ces États. Subsistent quelques îlots humains vivant dans des régimes démocratiques, notamment à Paris, Oxford, Rio de Janeiro ou le Cap. Virgile Levasseur, jeune enseignant-chercheur en biologie à Paris, apprend de sa collègue Antonia Silva, de l'université de Rio, l'existence d'un refuge exceptionnel de biodiversité, sur une île de l'ancien fleuve asséché, l'Amazone. Il se rend sur place avec cette dernière et ils découvrent avec stupéfaction l'existence d'une entité végétale intelligente. Cette entité a décidé d'éradiquer l'humanité, considérant l'impossibilité de cette espèce malade, à vivre en osmose avec son environnement, depuis la mutation ayant provoqué la conquête de la planète par l'homo sapiens. Seuls deux pour cent de la population terrestre ne sont pas touchés par cette mutationque l'entité assimile à un cancer. Virgile devra sillonner la planètemalgré des moyens de communication et de transport rares et dangereux. Il devra affronter les services secrets de la dictature norvégienne et servir d'intermédiaire entre le pouvoir politique français et l'entité hostileafin de tenter de trouver une solution pour sauver l'espèce humaine, à l'aide de son amie Antonia et d'un vieux chercheur en génétique.
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